В 2191 году жители Земли впервые наладили контакт с инопланетным разумом, но ожидаемый успех и ликование землян, довольно быстро сменилось разочарованием и не скрываемым ужасом. Инопланетная раса называющая себя амиласиане, за несколько дней нанесла массированные удары по Голубой планете и унесла бесчисленное количество жизней. Прошло восемь лет и почти все жители Земли либо погибли, либо были вынуждены существовать в подземных городах расположенных в недрах земной коры. Но когда казалось, что надежды на спасение былого величия планеты уже нет, у объединённых сил ООН возник план, по уничтожению инопланетян и теперь все надежды людей возложены на плечи Линкора Ямато и его бравый экипаж во главе с эпической личностью — легендарным капитаном Окитой.